Numerosi reperti, tra i quali i più significativi sono le stele daunie, lastre funebri scolpite dell'VIII - VI secolo a.C., attestano che la piana a sud del Gargano era abitata sin da epoca neolitica. L'area fu sede di un importante insediamento dauno, Siponto, che in seguito fu ellenizzato, diventando uno dei porti più settentrionali della Magna Grecia. A questo periodo risale la leggenda di una fondazione ad opera dell'eroe omerico Diomede. Conquistata prima dai Sanniti e poi da Alessandro I d'Epiro nel 335 a.C., nel 189 a.C. divenne colonia romana, mantenendo comunque viva la sua importanza strategica e commerciale.
Siponto subì pesanti distruzioni per i terremoti del 1223 del 1255, in seguito al quale si ebbero probabilmente fenomeni di bradisismo che fecero cadere in rovina la città.
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